Aquesta etapa educativa s'organitza en 4 cursos, que van dels 12 als 16 anys d'edat.
Té com a finalitat proporcionar a tots els nois i les noies una educació que els permeti assegurar un desenvolupament personal sòlid, adquirir les habilitats i les competències culturals i socials relatives a l'expressió i comprensió oral, a l'escriptura, al càlcul, a la resolució de problemes de la vida quotidiana, etc. entre d'altres.
És una etapa que coincideix amb el pas per la pubertat (canvis físics) i, després, amb l'adolescència (canvis intel·lectuals i socials). En aquestes edats els nois i les noies han d'aprendre a ser persones autònomes i poder desenvolupar les seves capacitats individuals, socials, intel·lectuals, artístiques, culturals i emocionals.
Les matèries que s'han de cursar són: Llengua catalana i literatura, Llengua castellana i literatura, Llengües estrangeres, Ciències de la naturalesa (a 3r curs es pot desdoblar en Biologia i geologia i Física i química), Educació física, Educació visual i plàstica, Educació ètica, Ciències socials, geografia i història, Llatí, Matemàtiques, Música i Tecnologies-informàtica. També s'hauran de cursar matèries optatives, entre les quals es podrà triar una segona Llengua estrangera i Cultura clàssica. I en els tres primers cursos també s'hauran de realitzar Treballs de síntesi i, a 4t d'ESO, Projectes de recerca. El màxim de matèries pels cursos de 1r a 3r, serà de dues més de les cursades a l'últim cicle de primària. En un dels tres primers cursos, s'hi afegeix l'àrea d'Educació per a la ciutadania i els drets humans, fent atenció especial a la igualtat entre homes i dones. El 4t curs té complementàriament caràcter orientador, tant per als estudis posteriors, com per a la integració a la vida laboral.
En superar l'ESO, s'obté el títol de Graduat en Educació secundària (GES) i possibilita accedir al batxillerat, a la formació professional de grau mitjà o bé al món laboral.